Trója romjainak feltételezett helyén Heinrich Schliemann régész kezdte meg az ásatásokat, és csakhamar olyan rétegekre talált, melyeket kora alapján a homéroszi Trójával azonosítottak. Ezek a rétegek megerősített településeket mutatnak, ami arra utal, hogy az ott lakók állandó fenyegetettségben éltek a város földrajzi elhelyezkedése miatt. Trója ugyanis tökéletes célpontja volt a kereskedelemnek, ám ennek következtében a rablóhadjáratoknak is.

De vajon mikor is pusztult el a virágzó kereskedőváros? A trójai háborút a késő bronzkorra datálják, ugyanis Homérosz szerint a mükénéiek rombolták le a települést, és a tárgyi leletekből valóban az derül ki, hogy valamilyen kapcsolat fenn állt a két nép között. Ám az kérdés, hogy Homérosz hogyan rendelkezhetett olyan részletes, aprólékos tudással a harcról, amelyet nem élt át személyesen, amelyről csak szájhagyomány útján terjedt információ. Ezeket a beszámolókat pedig rendszerint hozzáigazították a hallgatóság igényeihez.

Sokáig a homéroszi mű hitelessége kulcsaként kezelték azt a tényt, hogy a mükénei lineáris B-táblákon több olyan név is előfordul, amely előfordul Homérosz eposzaiban is. Ma azonban már tudjuk, hogy sok ezek közül a görög világ egyes részein tisztelt ősi isteneket jelölt. Így például Helené, a trójai háborút kiváltó csodálatos szépségű nő faistennő volt a rodoszi kultúrában.

Számos eposzi jelenet olyan történetekből ered, amely nem kapcsolódik Trójához, hanem bejárta az egész hellén világot, vagy pedig Homérosz idejében történt. Sok kutató mindezek miatt nem tartja valószínűleg, hogy az Iliász kalauzként szolgálhat e régi háborúhoz. Moses Finley, az Odüsszeusz világa című könyv szerzője szerint azok, akik azt állítják, hogy Trója egy háború során pusztult el, semmiféle valós bizonyítékot nem tudnak felhozni. A kérdés még mindig nyitott, a válasz lehet, hogy ott lapul valamelyik mai görög város alatt.