A fűszereknek fontos szerepük van a betegélelmezésben is, többek között a gyomor-bélrendszeri betegségek diétájában, mivel az egyes fűszerek segíthetik az emésztést. Egy roboráló diétában fontos a beteg étvágyának fokozása, ami a fűszerek étvágygerjesztő hatóanyagainak köszönhetően könnyebben megvalósítható. A magas vérnyomás diétájában az egyik fő cél a sóbevitel csökkentése, amiben igazán nagy jelentőségük van a fűszereknek. Azonban vannak olyan esetek is, amikor nem javasolt egy-egy fűszer használata. Így például a borsot a legtöbb esetben helyettesíteni kell a diétás konyhatechnikában, amire pl. a borsikafű ad lehetőséget. A fűszerpaprika csípősségétől függően alkalmazható, de vesebetegek diétájában nem javasolt a használata. Ugyanakkor gyomorfekélyes betegnél akár még a panaszokat is enyhítheti a fűszerpaprika hatóanyaga, a kapszaicin, ami az újabb vizsgálatok tükrében gátolja a gyomorsav kiválasztást, s fokozza a gyomornyálkahártya vérkeringését, ami által javít a fekélyes állapoton.
Több kutatásban vizsgálják a fűszerek lehetséges szerepét a nem fertőző krónikus betegségek megelőzésében vagy kezelésében, azonban a legtöbb kutatás laboratóriumi körülmények között zajlik és rendkívül kevés az embereken végzett vizsgálat. Annak eldöntéséhez, hogy a fűszerek hatóanyagai – nevezetesen a bennük található polifenol vegyületek – valóban jelentősen hozzájárulnak-e az étrendben a polifenol bevitelhez, például olyan kérdéseket kellene megválaszolni, hogy mekkora a szokásos beviteli mennyiség, illetve a bevitt mennyiség szintjén mennyire jelentős az összetevő bioaktív hatása.
További fontos kérdés, hogy a hatóanyagok az emésztés során mennyire jól hasznosulnak, illetve a különböző forrásokból származó hatóanyagok erősíthetik-e egymás hatását? Ha például a curry egyik összetevőjét, a kurkumát rezveratrollal kombináljuk, akkor „közös erővel” képesek meggátolni a tumor növekedését súlyosan immunhiányos nőstény egerekben.
